在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验数据

1、从光敏塑造培养神经元中取出DNA交连核氨基酸

从而隔离光热塑蛋清质-DNA组合物用作LC-MS阐述，小编制作了种转性纯化设计方案，可从DNA中去如果不是热塑蛋清质，仅在作用时实现立即DNA组接触的面积聚集DNA热塑蛋清质。用TRIZOL抽取复染质并去掉执行死刑获的非热塑蛋清，最后将其立即融掉以使用RNase代谢。实现超声波截段所得税蛋清质热塑DNA的抽取物，在硫氰酸胍中高温转性，并在二阳极氧化硅抽滤柱上猛烈清洗以去如果不是热塑蛋清质若能完整。实现核酸酶加工处理从DNA中减少光热塑蛋清，并使用胰蛋清酶代谢用作LC-MS阐述。该方式方法被命名为蛋清质热塑DNA抽取或XDNAX。

图1.蛋白酶质热塑DNA获取或XDNAX工作流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可进行触及DNA的血清质图谱

将光交连方式 使用于MCF7内部，察觉到了1,805种待选核血清，进来1,191种留存于3个或更多的次按顺序中。60%的DNA互为效果组有带核酸配合的GO标注，在不足核酸配合标注的核血清质中，极大的影响力出自于核纤层核血清，再就是是参与活动脱色质组织化和内部裂开的核血清质（图2）。

图2 . 可随时遇到 DNA 的核胆固醇（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3整理了DNA完美效果组所暗含的胆固醇质-DNA页面简述是指的核苷酸热塑肽。这包涵因此（1）球状DNA组合成分域、（2）DNA 组合无章区（IDR）和（3）因此与其他的胆固醇质（如组胆固醇组合胆固醇）、RNA（如剪接因素）或相隔离区室（如核仁胆固醇）完美效果而会造成的环保相近。

图3 . 可进行接触性 DNA的节构域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、化学发光法癌细胞扰动这段时间内与DNA联系的转录细胞因子

雌刺抗生素核淀粉酶激酶α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，一直到面对其配体，引起易位到癌人体细胞系结构，在去那里它与dna组中的相应范围组合以启用相应的转录程序代码。将血清饥饿的MCF7癌人体细胞系外露于高标准容量雌刺抗生素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与仿真模拟清理的照表癌人体细胞系较为鸟卵的DNA互不用处组（图4A）。各举，雌刺抗生素影响后DNA互不用处组中的ESR1不断增加了30倍（图4B）。总的来讲，在1,814个按量的核淀粉酶质含量-DNA互不用处中，约有9%呈现出大于2倍的有效变迁，并查看到与ESR1兼具互不用处的核淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 生长激素类外理乳腺癌癌血细胞 DNA 双方使用组的定量分析相对比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

学习开始脱色体组的核氨基酸含量质以了解一下它是如果被显示并付诸实训的，向来是科学人群一款 继续的的追求。脱色体组可及性常见以DNA为主的度角做好学习，虽然，到近几年截止，脱色质妇科凝胶中的哪几种核氨基酸含量质与DNA 造成初中物理间接的用尚不了解清楚。实用零间距光交连，可察觉到DNA间接的用组中的绝大部分数核氨基酸含量质，XDNAX技术工艺将有所作为核氨基酸含量质-DNA间接的用学习的巨大设备。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白酶质组学、突显组学、细胞代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考选取文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.