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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出广泛应用的生物技术几丁质酶，具有抗肿癌和抗病性毒用处。一般性，三萜是能够甲羟戊酸有效途径人工的，并从非人工仿真植物和病菌中导入。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上公布了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的研究探讨开题报告。该的研究探讨发现三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是可以通过液态物质培植的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物体还原成形成的。按照转录组和球营养物质组学科技进两步探索性无柄野生虫草菌丝体中DHT形成两者野生虫草酸（GA）的机理，并按照两组学科技判断到的一定的对比分析基因遗传和一定的对比分析球淀粉酶，得出DHT 微生物体合成视频 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和性能的分类

顺利通过对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体去转录组测序共到67230个转录本和14295个单人类遗传基因遗传。在一些单人类遗传基因遗传中，493个被监定为区别理解人类遗传基因遗传（DEGs），当中213个理解上浮，279个理解调低（图1A）。GO含有解析后，DEGs包括生态学时（BP）、肿瘤细胞膜成份（CC）和原子功能键（MF）3类。在BP类属中，出来了前二个子类属：抗菌药进行分解分解产生时，冰醋酸盐分解产生时和甲酸盐分解产生时;而在CC类属中，肿瘤细胞膜外区、突触塑料体、突触结构类型是前二个亚类。我们对MF类属，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性、氧化的替换酶亲水性和酸氨（或酰胺）接酶亲水性是前二个亚类属（图1B）。在DEGs的KEGG通道解析中，前30条含有度上限的通道有27条都属于分解产生，当中丁烷分解产生、乙醛酸盐和二羧酸盐分解产生、丙酸盐分解产生无线信号通道取得含有（图1D）。

图1|转录多组分析和工作等级分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

采用对无柄虫草念珠菌菌丝体利用核高核蛋清酶质组学研究浅析，一共确认了16,457种差别化的肽、2606种核高核蛋清酶质和2588种定量浅析核高核蛋清酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的选择水平下，在这一2606种核高核蛋清酶质中，94种被鉴定费为差别描述核高核蛋清酶（DEPs），但表中52种上涨，42种上涨（图2A），图2C显现了差别描述核高核蛋清酶的聚类浅析法研究浅析热图。从GO研究浅析来瞧，BP类型显现，基本都数DEPs体验冰醋酸盐消化吸收时、四环素浅析消化吸收时和中药浅析消化吸收时。CC类DEPs在体组织外区、过阳极铁的硫化物酶体和微体中占数量最好，阳极硫化抹除酶海洋微生物和甲酸脱氢酶（NAD）海洋微生物在MF类中DEPs的数量最好（图2B）。与转录组没想到相同，KEGG无线信号信号通路研究浅析显现，大量DEPs在消化吸收中含有，但表中3条最含有的方法是光合海洋微生物中的碳统一、碳消化吸收和MAPK无线信号无线信号信号通路（图2D）。不仅，采用研究浅析GO参数库的CC对DEPs利用亚体组织地位研究浅析和标注（图2E），DEPs核心分布不均在体组织质（40.66%）、体组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs海洋微生物制作而成的核心职位。

图2|球核苷酸组的按量介绍和的功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换成和相较比较组获选DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个区别形容什么是DNA（图3A）。对转录组和脂肪酸质组中E组和C组就有的DEGs/DEPs参与聚类深入定性分析法深入定性分析，知道mRNA和脂肪酸质期间有13个上涨什么是DNA和3个降低什么是DNA，DEGs与此译为的DEPs形容横向呈正有关，依据Pearson的有关指数公式深入定性分析，在转录组和脂肪酸质组期间测试到比较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查成果彰显，E组和C组19个DEGs的表述层次不同之处特殊，里面9个为上浮DEGs，5个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述变化趋势与转录多组分析成果不同。

图3|核核苷酸组的化学发光法数据分析和功能模块校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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